可擴展性
長區塊鏈可能會給組織帶來挑戰，因為它在可擴展性方面遇到了麻煩。這里有幾個因素在起作用。首先，網絡上每臺用于確認交易和保持區塊鏈準確記錄的計算機都必須存儲從創世塊開始到最新塊的數據。這些節點必須具備存儲數據的能力。冗余創建了一個更安全的系統，但隨著網絡和區塊鏈的增長，它也變得越來越低效。
此外，在區塊鏈上創建新區塊時，確認交易的節點必須將新區塊廣播到網絡上的每個其他節點。然后他們可以驗證交易并將區塊添加到區塊鏈中。隨著網絡規模的擴大，這可以使用大量的網絡資源。在比特幣和以太坊等大型公共區塊鏈中，擴容問題可以轉化為節點要求更高的交易費用來處理區塊鏈上的交易，他們需要看到對計算資源的投資獲得足夠的回報。
能源消耗
使用工作量證明系統來確定哪個節點贏得確認鏈中下一個區塊的權利的區塊鏈可能會變得非常耗能。比特幣和以太坊都使用工作量證明模型，其中節點競爭以最快的速度求解復雜方程。隨著網絡的發展，競爭者的數量也在增加，并且會爭奪更多的計算機能力，這會消耗能源。能源消耗效率極低，因為最終只有一個節點將贏得確認下一個區塊的權利。股權證明模型被認為是解決區塊鏈面臨的能源消耗問題的一種方法。然而，這樣的系統本身就帶來了挑戰。一方面，構建一個好的權益證明系統所需的代碼比工作量證明系統復雜得多。這可能會導致更多的錯誤和漏洞。
其次，單方可能更容易控制大部分質押的加密貨幣，使其對區塊鏈行使過多的控制權。后一種漏洞在工作量證明模型中不太可能出現，因為單方將需要獲得網絡上的大部分計算機能力。其他方可以獲得額外的計算機能力，以奪取控制權并確保區塊鏈保持去中心化。盡管存在這些缺點，以太坊正在從工作量證明模型遷移到權益證明模型。
速度
區塊鏈交易對于賬戶到賬戶的轉賬來說相對較快，但區塊鏈的去中心化特性在日常交易中卻較為糟糕。由于像比特幣這樣的區塊鏈是完全去中心化的，因此在區塊鏈上確認之前無法保證交易。這可能需要很長時間，因為比特幣區塊鏈每秒只能處理少量交易。商家可能不知道交易是否真的進行了一個小時。即使金融領域有大量有用的區塊鏈應用程序，這對于大多數零售交易來說也是不切實際的。
沒有通用標準
幾乎每一個區塊鏈技術的實現都是獨一無二的。首先，它使區塊鏈之間的互操作性變得困難。如果一家公司想與另一家公司的區塊鏈共享數據，他們可能需要開發額外的工具來允許數據在兩個區塊鏈之間流動。已經有數十種區塊鏈互操作性解決方案在使用中，但沒有一種解決方案適合所有人的事實凸顯了區塊鏈實施的碎片化標準。第二個挑戰來自開發人員在區塊鏈上創建某些東西(例如，智能合約或去中心化金融應用程序)。由于沒有通用標準，開發人員必須重新設計所有內容才能在另一個區塊鏈上提供相同的產品。由于開發人員使用不太熟悉的平臺，缺乏標準也可能導致代碼中的漏洞。
隱私
區塊鏈旨在公開分發。這意味著任何人都可以看到寫入區塊鏈的數據。盡管使用區塊鏈錢包地址作為標識符來匿名化信息，但交易的其他細節是顯而易見的。沒有人會關心你發送給朋友的價值 20 美元的比特幣，但某些數據和交易需要更高級別的隱私。
有私有區塊鏈，限制誰可以作為節點參與以及誰可以查看交易。私有區塊鏈是企業實施區塊鏈技術而不必擔心向公眾泄露任何信息的一種方式，但它也有其缺點。由于私有區塊鏈具有授權誰可以參與和不可以參與的權力，因此它并不是真正的去中心化。這會降低公眾對基于區塊鏈的產品的信任。隱私問題凸顯了區塊鏈技術必須做出的一些權衡。
